Es el órgano de gobierno en tercera instancia, es mismo que ejerce autoridad espiritual y administrativa conforme a las Sagradas Escrituras, a favor de los fieles. Está conformado por los Presbiterios y Juntas Presbiterales de una determinada extensión geográfica, integrado por los Delegados de los Presbiterios y Ministros.
EL 24 de noviembre de 1919, se celebró la primera Asamblea del Sínodo regional de las iglesias Evangélicas del Perú Central